有机肥生产过程中，因为原料来自于养殖业、农产品及食品加工残渣、工业糟渣等，这些原料在储存以及发酵过程中不可避免地会发生污水/渗滤液、臭气等，设备机械的工作发生噪音、有机肥的烘干粉碎等深加工易发生粉尘和异味气体等。 
　　下面介绍几种有机肥臭气处理的办法： 
　　有机肥生产过程中的臭气来源：有机肥生产中的臭气来自原料腐烂变质、有机肥发酵和有机肥烘干等。有机肥生产中的恶臭物质种类多，来源广泛，一般有氨味、硫化氢味等等，对动物呼吸、消化、心血管、内分泌及神经系统都会形成不同程度的毒害，某些臭气即便无健康上的危害，也存在对人精力或心情上的刺激与影响。 
　　堆肥过程中臭气发生阶段：发生于发酵的最初阶段，因为易分化有机物质的降解消耗很多氧气，然后形成部分缺氧而发生小分子有机物质和硫化氢等。此时，因为pH较低不易发生氨蒸发，大约1-2周后，随着堆肥pH值升高而呈现很多氨蒸发。此时，堆肥已逐步完结堆肥一次发酵。 
　　堆肥过程中臭气抑制与消除：通过调节资料的通气性、增加通风量和增加吸附资料等均可在程度上抑制臭气的发生。但是，因为发酵资料数量大、臭气发生集中和场所相对关闭等原因，致使发酵场所内臭气浓度极高，有时场所内氨浓度高达mg/L以上。这也形成了很多营养的丢失。需要采纳办法收集和处理。 
　　建厂时，配套建设除臭设备或采纳除臭办法：近年来，随着环境污染治理逐步完善，臭气污染投诉越来越多。对蒸发性有机物的污染问题越来越关注，在工厂设施建设时，一起树立恰当规模的除臭设备是避免空气污染和减少与周边居民发生胶葛的。如果无视除臭对策，等与周边居民发生了胶葛或被环境部分批判后再进行建设，那时所花的费用将更多。 
　　目前，消除臭气的办法有很，如水洗法、化处理法、燃烧法、吸附法、空气稀释法、掩蔽法、臭氧氧化法、等离子体以及生物除臭法等。 
　　生产上用的较广泛的一种就是生物除臭法，此种办法则是在生物的效果下，通过生物化学反应来分化、转化臭气成分以到达除臭意图。目前，应用最多的是使用微生物来处理臭气。因而，也叫微生物除臭法。这种办法的长处是工作成本低、节省能源与资源和易于保护等。